יותר מ-80 שנה עמד מבנה המזגגה שומם ועזוב בלב הקבוץ המתפתח סביבו.  בשנת 1980 החלו ארכיאולוגים תת-ימיים לחפור ולסקור את קרקעית מפרצי דור ובמקביל משלחת מהאוניברסיטה העברית בירושלים החלה בחפירות יבשתיות בתל דור. חדרי המזגגה שופצו ע"י חברי נחשולים והפכו לחדרי עבודה ואחסון לחופרים ולצוללנים. במהלך השנים, עם גילויים של פריטים רבים ונדירים והצגתם בחללי המבנה, הפכה המזגגה למוזיאון המוכר ע"י הרשויות. כיום במזגגה תצוגת קבע של מאות ממצאים ארכיאולוגיים, תוך שימת דגש על הרבגוניות התרבותית, הדתית והחומרית שהתקיימה בעיר דור העתיקה, המשתקפים ממוצגים אלו. כמו כן הוקם לאחרונה אגף המנציח את סיפור המזגגה כבית חרושת לבקבוקי זכוכית בבעלות הברון רוטשילד ובניהולו של מאיר דיזנגוף, נוספה תצוגת קבע של כלי זכוכית עתיקים ופסיפס נדיר, ואולם לתערוכות מתחלפות המציגות אומנות זכוכית עכשווית. בחצר המזגגה ובגן שמסביב מוצגים פריטים ארכיטקטוניים, עוגנים ומתקנים חקלאיים קדומים, מלווים בשילוט הומוריסטי.
:התצוגות הקבועות על פי הנושאים השונים
זהו שמו של המפעל המופיע על המכתבים הרשמיים שכתב מאיר דיזנגוף החל מ-1891. באמצעות סרטון, צילומים ומעט פריטי זכוכית אותנטיים מוצג חזון תעשיית הזכוכית של הברון אדמונד דה רוטשילד, וסיפורם של האנשים שחיו ועבדו במפעל, חלקם דמויות פורצות דרך מימי ראשית הישוב היהודי בארץ ישראל.
אלפי שנים מכיר האדם את סוד הפיכת החול לזכוכית, כל תקופה והטכניקות הייחודיות לה ליצירת כלי נוי ותכשיטים, כולם במגוון צבעים, צורות ושימושים. הממצא המרתק ביותר המוצג הוא רצפת הפסיפס הקדומה בארץ-ישראל, מן התקופה ההלניסטית, המשובצת בקוביות זכוכית צבעונית, היוצרות תמונה של זרי פרחים, פירות ומסכת תאטרון.
 לאחר סערה עזה במפרץ דור, משו ארכיאולוגים תת-ימיים תותחים, רובי מוסקט, חרבות, אקדחים ועוד כלי נשק, כולם מהווים עדות מצמררת ללילה אחד ב-21.5.1799, עת נסוג צבאו של נפוליאון לאחר תבוסתו בעכו לכוון יפו. את קורות אותו לילה, סיבותיו ותוצאותיו מספרת התצוגה בחדר זה. 
תעשיית התכלת נעלמה מן העולם לפני מאות שנים. התכלת היה צבע יקר, עמיד ונדיר, אשר יחד עם הארגמן הופק מן החילזון הימי ששמו ארגמון קהה קוצים. התעשייה הייתה מפותחת בערי הפיניקים במזרח הים התיכון, ואת שרידיה שנמצאו בתל דור אנו מציגים כאן. כחלק מחידוש מצוות צביעת פתיל אחד של הציצית בתכלת, נעשית כאן הדגמת שיטות ההפקה והצביעה באמצעות סרט וסדנאות מוזמנות מראש. 
 הצצה לחיי נשים בעולם העתיק שחייהן נסבו סביב מלאכות הבית, כמו אפיה, טחינה, כתישה, בישול, תפירה. למרות עולמן הסגור לכאורה, הן דאגו לטיפוחן, לאיפורן, ענדו תכשיטים נאים, התהדרו בתסרוקות מושקעות ועודכנו באפנות לבוש בהשראת העולם היווני והרומי. הייתכן שאין חדש תחת השמש? 
 עשרות אבני בליסטראות, חיצים, רומחים ואבני קלע משמשים עדות למלחמה אחת שהתחוללה בעיר דור בין הצבא החשמונאי לבין טריפון המורד הסלוובקי. זו הייתה מלחמה אחת מיני רבות במהלך ההיסטוריה של העיר על השליטה בנמל החשוב שהיה כאן. 
 כך נקראה העיר בתקופה הרומית, בשל היותה עיר נמל פורחת. המוצגים בחדר זה מעידים על המסחר הבינלאומי המשגשג שפרח כאן בזכות הנמל הטבעי. רבים מהם הם חפצי מותרות שיובאו לכאן מכל רחבי הים התיכון, חלקם קשורים לפולחן, ובעיקר לאמונות עממיות ולטקסי גירוש רוחות רעות. 
 במוקד התצוגה ניצב עמוד שיש שבתוכו שובצה אבן מן הגולגותא, מקום צליבתו של ישו. העמוד נתגלה בתחומי קיבוץ נחשולים בכנסיה קדומה, יחד עם עוד סממנים נוצריים כמו שרביט שנהב של בישוף ובריכות מים לטבילה. יחד עם זאת מוצגים ממצאים מהמצודה הצלבנית מרל שעמדה בראש התל. 
 הדמיה של אתר צלילה אותנטי בחוף דור. כדי להמחיש את חוויית הצלילה והחפירה מתחת למים עוצב חדר שרצפתו כקרקעית הים, אורו אפלולי תכלכל, קולות מבעבעים ברקע וסרט שצולם בעת גילויה של ספינה במצולות הים מוקרנים ברקע. 
יצירה בחדר צוללן